Les différentes espèces de poissons se succèdent tout au long du cours d’eau. Ainsi, les espèces présentes en amont sont différentes de celles présentes en aval ; ceci étant dû aux successions d’habitats présents au sein du cours d’eau. En effet, chaque espèce à des besoins précis en termes de température, d’oxygénation de l’eau, de substrat, de ressources alimentaires… Autant de caractéristiques qui évoluent selon le gradient amont-aval des rivières.
La zone à truites
Il s’agit des rivières situées en tête de bassin versant. Les cours d’eau représentatifs de cette zone sont assez étroits, on parle alors de chevelus. Les températures plutôt fraîches n’excèdent pas 10°C. La pente assez importante offre des eaux rapides et bien oxygénées. Les eaux sont claires, il y a en effet peu de végétation immergée et les mousses sont dominantes. Les espèces piscicoles présentes sont sensibles aux pollutions et sont spécialisées ; c’est à dire que leur écologie est propre aux caractéristiques de la zone à truite. Truites fario, lamproies de planer, vairons, anguilles…sont les espèces caractéristiques de cette zone.
La zone à ombres
Les rivières de la zone à ombres sont un peu plus larges, la température des eaux peut atteindre 15°C. De nouvelles espèces telles que l’ombre commun, le goujon viennent se rajouter ou se substituer aux précédentes. Ce dernier point est en fonction des caractéristiques locales du cours d’eau ainsi qu’aux éventuelles pollutions accumulées pouvant faire disparaître les espèces sensibles et spécialisées au profit d’autres davantage tolérantes et généralistes. Bien que la vitesse de courant soit encore importante, les plantes immergées s’installent dans les zones où le courant est un peu plus faible.
La zone à barbeaux
Les rivières caractéristiques de cette zone sont davantage profondes avec un écoulement plus lent. Le substrat (fond) a également évolué, les graviers et roches laissent petit à petit place à des fonds vaseux et sableux offrant des habitats à un plus grand nombre d’espèces : la richesse spécifique augmente. Les espèces majoritairement présentes dans ces zones sont les chevesnes, les barbeaux, les hotus…
La zone à brèmes
Les rivières sont très larges avec une vitesse de courant faible. La végétation aquatique est abondante, ce qui offre une ressource alimentaire importante aux poissons fourrages qui eux mêmes sont une ressource pour les poissons prédateurs. Brochets, sandres, silure, ablettes, brèmes, gardons, carpes et perches sont les poissons caractéristiques de cette zone. Les températures peuvent dépasser les 20°C, les eaux sont plus profondes et plus stagnantes.
La zone à flets
Ces zones correspondent aux estuaires au sein desquels eaux salées et douces se rencontrent. Cette zone est la porte d’entrée des espèces migratrices qui remontent les cours d’eau pour effecteur les grandes étapes de leur cycle biologique. Les espèces présentes sont donc capables de supporter des salinités élevées et sont principalement le saumon atlantique, la truite de mer, l’anguille, les aloses, les lamproies, le mulet, le flet…
La présence ou l’absence de certaines de ces espèces est une indication de l’état écologique des rivières. Il est en effet possible de rencontrer une espèce dans une zone où sa présence n’est pas attendue. L’analyse des facteurs environnementaux (qualité d’eau, hydromorphologie…) permettra alors de mieux cerner l’impact de l’Homme sur la rivière (pollution, rectification du lit mineur…). Les activités humaines influencent fortement la distribution des espèces piscicoles dans nos cours d’eau. Les poissons doivent ainsi être considérés comme de précieux indicateurs de la qualité des écosystèmes aquatiques. La disparition des espèces les plus sensibles doit être perçue par la société comme de véritables messages d’alerte.